يهدف برنامج بكالوريوس العلوم في علوم البحار والأحياء المائية بجامعة الأزهر بأسيوط إلى تخريج علماء متخصصين في دراسة البيئات البحرية وكافة الكائنات الحية التي تعيش فيها، حيث يتلقى الطلاب دراسة متعمقة في بيولوجيا الكائنات البحرية، والكيمياء البحرية، والجيولوجيا البحرية، والمحيطات الفيزيائية، مما يزودهم بالمهارات اللازمة لدراسة التنوع البيولوجي البحري، وتقييم حالة البيئة البحرية، وإدارة الموارد السمكية، وتطوير استراتيجيات للحفاظ على البيئة البحرية، مما يؤهلهم للعمل في مجالات الصيد، والأحياء المائية، وحماية البيئة البحرية، والبحث العلمي.