يهدف برنامج بكالوريوس الطب والجراحة بجامعة الأزهر إلى تخريج أطباء مؤهلين تأهيلاً عالياً، قادرين على تشخيص الأمراض وعلاجها، وإجراء العمليات الجراحية، وذلك من خلال دراسة العلوم الطبية الأساسية والكلينية، وتطبيقها عملياً في المستشفيات التابعة للكلية. يربط البرنامج بين العلوم الطبية والدين الإسلامي، مما يشكل شخصية الطبيب المتكامل الذي يتمتع بوعي ديني وإيمان راسخ، وقادر على تقديم الرعاية الصحية للمرضى بكل إنسانية واحترام.