يهدف برنامج بكالوريوس العلوم في الميكروبيولوجيا بجامعة الأزهر بأسيوط إلى تخريج علماء قادرين على مواجهة التحديات الصحية والبيئية التي تواجه العالم، حيث يتلقى الطلاب تدريبًا عمليًا مكثفًا في المختبرات مجهزة بأحدث الأجهزة، مما يمكّنهم من اكتساب المهارات اللازمة للعمل في مجال البحث والتطوير في الصناعات الدوائية والبيوتكنولوجية، كما يمكنهم المساهمة في حل المشكلات البيئية من خلال دراسة دور الميكروبات في تحلل الملوثات وتنقية المياه.