يهدف برنامج بكالوريوس العلوم في الميكروبيولوجي والكيمياء بجامعة الأزهر بأسيوط إلى تأهيل الخريجين للعمل في مجال الميكروبيولوجيا والصناعات الدوائية، حيث يتلقى الطلاب دراسة شاملة في علم الميكروبات، تشمل دراسة خصائص الميكروبات، وتصنيفها، وعلاقتها بالصحة والمرض، بالإضافة إلى دراسة التفاعلات الكيميائية الحيوية التي تحدث داخل الخلية الميكروبية، مما يزودهم بالمهارات اللازمة لتحليل العينات الميكروبية وتشخيص الأمراض المعدية، وتطوير أدوية جديدة لمكافحة الأمراض.